システムエンジニアは、基本的な技術の使い方を学んでしまえば様々な働き方を選べます。
正社員としてIT系企業で働くこともできますが、独立してフリーランスになったり、ベンチャー企業を立ち上げたりすることも可能です。
また、IT系以外の企業の社内エンジニアとして正社員になることもできるでしょう。
この他にも派遣社員で働いたり、パートやアルバイトをして稼いだりすることもできるため、システムエンジニアは自分のスタイルを考えて働き方を選べます。

しかし、最初のキャリアとしては、IT系企業の正社員になるのが一般的です。
現場で一度開発プロセスを経験してみないことには、なかなか仕事に活かすのが難しいためです。
基本的なワークフローと技術を学べるよう、教育プログラムがしっかりと作られている企業で働くことが重要になっています。

そこで数年間働いて基本のプロセスを習得し、自分なりの考え方で開発などを行えるようになった時点でキャリアパスを考えるのが通例です。
正社員として働いている際は雇用側も長期雇用を前提としているため、教育研修の時間を十分に与えてくれます。
システムエンジニアとして、基礎を身に付けやすい環境を与えてもらえるのが大きなメリットです。

十分な経験を積んだ後は転職をするシステムエンジニアが多いですが、転職後も正社員になるケースは少なくありません。
安定雇用があるという点で魅力があるためで、自分の能力を活かせる企業を転々としている人もいます。